106年6月13日召開105學年度第二學期的校務會議，正式通過金門教育中心乙案，直接隸屬於教務處之下，肩負行政與學術的雙重工作，以「金門教育中心」為名稱，銜接清華與金門一切教育相關事宜，並於106年1月1日正式在金門成立金門教育中心。 本中心為配合政府新南向政策與金門大學島的施政目標，有助於促進兩岸及東南亞學術交流，進而推展至全世界。透過金門教育中心與廈門的清華海峽研究院，亦將有助於兩岸清華大學之交流和合作，而且將有助於促進兩岸的共同發展，增進兩岸和平。